Constitué de 20 membres, le Conseil d'administration définit la politique du FAFIEC en recherchant le meilleur usage des fonds mutualisés au service de la formation.
La Présidence est assurée alternativement par un représentant du collège employeur et du collège salarié, pour une durée de deux ans. Cette règle de l'alternance est également respectée pour les fonctions-clés de secrétaire et secrétaire adjoint, et de trésorier et de trésorier adjoint.
